全国动物标识系统是在2004年设立，成立初衷是为建立一个全国性的动物身份标识网络。随着全国动物标识系统结束，美国农业部初步将建立一个全国性基础架构，并计划将新的动物疫情追溯系统加入美国联邦法规（Code of Federal Regulations），据此规定明确的标准和成效衡量准则。

    然而，新的系统将由各州和部落民族执行和管理，美国联邦政府仅是支援的角色。每个州和部落民族将有权依其当地生产业者的需求，决定应使用何种特定措施与方案并符合动物疫情追溯成效衡量的原则。新系统仅适用於跨州的动物。